Magento może współpracować i wymieniać dane z innymi aplikacjami. Dzięki temu można zbudować kompleksowe rozwiązanie, w którym Magento stanie się frontem sprzedażowym w kanale www i mobile.

Inne systemy i aplikacje będą służyć do zbierania lub przetwarzania zamówień i przeprowadzania transakcji w obszarze offline jak również będą wykorzystywane do wsparcia procesów posprzedażowych. Integracja z systemami sprzedażowymi, systemami POS, kioskami interaktywnymi, pokazującymi ofertę klientom sklepu stacjonarnego, to tylko niektóre z możliwości integracji międzysystemowej.
Dzięki takiej integracji zakrojonej na szeroka skale uzyskujemy jedna spójna platformę i wiele korzyści dla klienta końcowego, np. uzgodnione promocje w kanałach online i offline, automatyczne zamieszczanie wystawionych faktur do ściągnięcia po zalogowaniu na konto, historie zamówień ze statusami uzgodnionymi z systemami dostawcy i mnóstwo innych atrakcyjnych funkcji, dzięki którym obsługa wielu kanałów sprzedażowych staje się o wiele prostsza i ryzyko błędów minimalizuje się dzięki automatyzacji procesów.
Z kolei dzięki integracji z aplikacjami finansowo-księgowymi lub systemami ERP możliwa jest budowa systemu, w którym sprzedaż z różnych kanałów i związane z nią statystyki możemy śledzić na bieżąco i w odpowiednio szybki sposób reagować na zmiany na coraz bardziej konkurencyjnym rynku.